1972年11月，南洋研究所获批准正式复办。

1974年5月，南洋研究所刊物《南洋问题》创刊。

1976—1977年，《我国南海诸岛史料汇编》三册及续编三册整理完成，为捍卫国家领土主权提供学术支持。（此图为1988年版封面）

1978年，南洋研究所开始由科学研究转为兼顾教学，以多学科建设推进跨专业人才的制度性培养。

1978年7月，南洋研究所与云南省历史研究所、中山大学东南亚历史研究室在厦门大学联合主办“东南亚问题科学讨论会”,酝酿次年成立中国东南亚研究会。

1980年，南洋研究所开始招收中外关系史专业硕士研究生；1982年，开始招收世界经济专业硕士生。

1980年9月，以王赓武教授为团长的澳大利亚国立大学东南亚学者访华团到访，这是南洋研究所成立以来的首次国际学术交流。

1981年4月，何启拔教授赴新加坡访问，为南洋研究所出国交流之先行者。

1981年5月15-22日，中国中外关系史学会在厦门大学成立，同时举办的研讨会为中华人民共和国成立后中外关系史研究之开端。

1983年10月17日，厦门大学与荷兰莱顿大学签署学术交流协议，以南洋研究所为协调单位，开启了南洋研究所与荷兰莱顿大学在东南亚华侨华人研究方面的长期合作。这也是南洋研究所首次与境外学术机构进行合作。

1984年1月，国务院批准韩振华教授为专门史（中外关系史）专业博士研究生导师，开启了国内首批东南亚史、华侨史方向博士研究生的培养工作。

1984年2月21-25日, 福建省华侨历史学会成立大会暨第一届学术讨论会与福建省东南亚学会第四次学术讨论会在厦门大学召开。

1986年12月29日，《南洋问题》经中共福建省委宣传部批准，准予公开发行。

1987年2月，《南洋资料译丛》公开发行。

1988年2月，《南洋问题》更名为《南洋问题研究》。

1989年4月25-28日，南洋研究所与中国华侨历史学会、新加坡南洋学会在厦门联合举办“战后海外华人变化国际学术讨论会”。这是南洋研究所首次与境外机构联合举办的国际会议。

1992年6月起，南洋研究所成为国家一级学会——中国东南亚研究会的挂靠机构，为中国东南亚研究会和我国东南亚研究事业的不断发展做出积极的贡献。

1996年4月，南洋研究所升格为南洋研究院，设有中外关系史博士学位授权点与中外关系史、世界经济硕士学位授权点。同年，南洋研究院成为国家“211工程”建设子项目的机构。

1996年，中共厦门大学南洋研究所直属支部委员会更名为中共厦门大学南洋研究院直属支部委员会。

1999年，新增“世界经济专业”博士学位授权点；2002年，增设“国际关系专业”硕士学位授权点；2004年，新增“政治学理论”博士生招生专业。

2000年3月，在南洋研究院基础上成立厦门大学东南亚研究中心。同年9月，中心获批成为教育部人文社会科学重点研究基地。

2000年3月，南洋研究院资料室更名为东南亚研究中心图书馆，亦名南洋研究院图书馆。

2003年，厦门大学东南亚研究中心中英文网站建成。

2003年6月，中共厦门大学南洋研究院直属支部委员会升格为中共厦门大学南洋研究院总支部委员会。

2004年9月，《南洋问题研究》入选中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊。

2004年12月，成立厦门大学马来西亚研究所。

2006年12月14日，在南洋研究院基础上成立厦门大学国际关系学院。

2007年3月21日，成立厦门大学国际关系学院国际关系系；2010年12月6日，成立厦门大学国际关系学院侨务与外交系。

2007年9月，招收首批国际政治专业本科生，2010年9月，招收首批外交学专业本科生。

2008年5月26 日，举行厦门大学国际关系学院/苏氏东南亚研究中心成立典礼。

2008年6月，成立共青团厦门大学国际关系学院/南洋研究院委员会。

2008年9月，国际关系学院/南洋研究院首次招收国际硕士生，实行全英文授课。

2009年4月，中共厦门大学南洋研究院总支部委员会更名为中共厦门大学国际关系学院/南洋研究院总支部委员会。

2011年12月，成立厦门大学东盟研究中心，入选教育部区域和国别研究培育基地。

2012年，在政治学一级学科下新增“国际关系”博士专业。2013年9月招收首批该专业博士生。

2013年4月，中共厦门大学国际关系学院/南洋研究院总支部委员会升格为中共厦门大学国际关系学院/南洋研究院委员会。

2015年1月23日，在厦门大学南安楼举行“中国—东盟思想库网络福建基地”揭牌仪式。外交部亚洲司推荐厦门大学国际关系学院/南洋研究院为“中国—东盟思想库网络”成员单位。

2016年12月，由南洋研究院培育的智库“‘一带一路’与东南亚研究院”入选福建省高校特色新型智库名单且位居榜首。

2017年4月，与厦门大学公共事务学院、台湾研究院共同设立了政治学博士后科研流动站；与厦门大学历史与文化遗产学院共同设立了世界历史博士后科研流动站；2018年11月，与厦门大学经济学院共同设立了理论经济学博士后科研流动站。

2017年6月，厦门大学马来西亚研究所、厦门大学印度尼西亚研究中心和厦门大学新加坡研究中心成功获得教育部2017年国别与区域研究中心备案。

2017年12月，入选厦门大学“双一流”建设“'一带一路'学科群”。

2019 年11月，在第六届高校社科期刊评优活动中，《南洋问题研究》被评为高校社科精品期刊。2021年3月，《南洋问题研究》入编《中文核心期刊要目总览》2020年版（即第9版）政治学（含马列）类的核心期刊。

2021年1月，教育部公布首轮高校国别和区域研究工作评估结果，厦门大学东盟研究中心（培育基地）、厦门大学马来西亚研究所（备案中心）获评高水平建设单位。

2021年3月，厦门大学国际关系学院外交学专业入选教育部2020年度省级一流本科专业建设点。同年6月，外交学专业入选2021年度国家级一流本科专业建设点，国际政治专业入选省级一流本科专业建设点。

2022年7月14日，厦门大学国际关系学院/南洋研究院成为福建省对外文化交流基地。

2022年11月，首次获得国家社科基金冷门绝学研究专项立项。围绕东南亚研究等方向，学院累计获批冷门绝学重大项目和重点项目共4项。

2023年4月，在马来西亚发行量最大、最有影响力的华文日报之一《星洲日报》设立东南亚问题系列评论专栏“鹭岛南望”。

2023年9月，在吉隆坡设立厦门大学南洋研究院马来西亚工作站。随后于2024年、2025年，分别在万象设立厦门大学南洋研究院老挝工作站，在日惹与印尼加查马达大学社会与政治科学学院共同成立中印尼关系联合研究中心。

2023年12月，“厦门大学苏氏（瑞福）东南亚研究中心”更名为“厦门大学华侨华人研究中心”。

2024年3月11日，厦门大学南洋数字图书馆首期正式揭牌。

2024年4月，厦门大学国际关系学院/南洋研究院入选区域国别研究的国家级高端平台。

2024年9月，厦门大学国际关系学院/南洋研究院牵头成立教育部区域国别研究联合平台。

2024年9月，获批区域国别学一级学科博士学位授权点。

2025年9月，招收首批区域国别学专业硕士、博士研究生。

2025年11月，厦门大学国际关系学院/南洋研究院协助学校成功申报教育部哲学社会科学实验室“中国东南海疆治理实验室”。

2025年12月，厦门大学国际关系学院/南洋研究院菲律宾研究中心成立。

​2026年1月，经国家新闻出版署批复，《南洋资料译丛》更名为《亚太国家与区域研究》

2026年10月，厦门大学国际关系学院/南洋研究院泰国研究中心成立。